MENYELAMATKAN GAARA
Setelah Naruto kembali ke desa konoha, dia langsung disambut oleh Kakashi yang memberinya ujian ulang bersama Sakura untuk masuk kembali ke tim 7. Ujiannya sendiri sama seperti ujian ketika pertama kali tim 7 dibentuk. Kali ini Kakashi serius dan menggunakan sharingan.Awalnya, Naruto dan Sakura kewalahan menghadapi Kakashi yang sangat kuat, cepat ditambah lagi memakai Sharingan. Namun keadaan itu berakhir ketika Naruto berhasil melakukan "trik khusus" pada Kakashi dan akhirnya membuat mereka berdua lulus ujian itu untuk kedua kalinya.
Setelah itu, Naruto dan kawan-kawannya diberi misi level S untuk menolong Gaara, sang Kazekage, dari tangan organisasi misterius bernama Akatsuki. Tim 7 lalu mengejar Akatsuki, ditemani Chiyo, seorang wanita tua yang misterius. Tim 7 lalu menemukan bahwa Gaara berhasil dikalahkan seseorang bernama Deidara. Deidara lalu membawa Gaara yang tak berdaya ke sebuah gua untuk mengambil Biju di dalam tubuhnya. Tim 7 dibantu tim 9 pimpinan Guru Guy mendobrak masuk persembunyian Akatsuki dan melawan mereka. Sakura dan Chiyo melawan Sasori, Kakashi dan Naruto mengejar Deidara.
Sasori yang merupakan cucu dari Chiyo dengan senang hati melawan neneknya. Chiyo dan Sakura lalu melancarkan serangan gabungan ke Sasori, dan menghancurkan cangkang luar tubuhnya yang ternyata boneka bernama Hiruko. Tubuh asli Sasori, yang masih berupa anak-anak biarpun sudah lebih dari 20 tahun meninggalkan Suna sudah diubah seluruhnya menjadi boneka. Hanya bagian jantungnya saja yang masih manusia. Pertarungan sengit tidak bisa dihindari ketika Sasori memanggil boneka Kazekage ketiga. Dengan kemampuannya, Sasori hampir saja mengalahkan Chiyo dan Sakura. Namun berkat kesigapan Sakura, mereka lolos dari maut. Chiyo lalu mengeluarkan jurus pamungkasnya, Teknik Rahasia Putih : Koleksi boneka Chikamatsu. Sasori juga mengeluarkan 100 boneka andalannya untuk melawan mereka. Setelah pertarungan brutal, akhirnya Sasori bisa dikalahkan dengan menusukkan pedang ke jantungnya.Dia terbunuh oleh boneka yang notabene adalah replika kedua orangtuanya sendiri.
Naruto dan Kakashi yang mengejar Deidara, akhirnya berhasil menyusul setelah Kakashi menggunakan Mangekyoushi Sharingan untuk memutuskan tangan Deidara dan memperlambat gerakannya. Deidara yang terdesak berusaha kabur tetapi sempat di hajar sebentar oleh Naruto. Deidara yang bersembunyi berhasil ditemukan oleh tim 9 dan diserang. Terdesak, Deidara mengeluarkan jutsu peledakkan diri untuk menutupi dirinya yang kabur lewat bawah tanah. Naruto dan kawan-kawan lalu mengambil tubuh Gaara yang sudah terkulai. Chiyo tergugah melihat Naruto mengorbankan nyawanya untuk menyelamatkan Garra dan menukar nyawanya unutk menghidupkan kembali Garra. Ninja Konoha kembali ke desa setelah berpamitan dengan sang Kazekage, Gaara.
Pencarian Sasuke
Di Konoha, Kakashi terkapar tak berdaya karena menggunakan mangekyou sharingan secara beruntun. Dia lalu digantikan oleh Yamato, seorang anbu yang pernah menjadi junior Kakashi di masa lalu. Dia menjadi pengganti Kakashi untuk sementara. Untuk melengkapi tim 4 orang, maka ditunjuklah satu orang lagi dari "roots" bernama Sai. Pada awalnya, Naruto dan Sakura tidak menyukainya karena kebiasaan Sai yang sering berbicara kasar. Biarpun begitu, Sai hanya menjalankan prinsipnya sebagai "roots". Karena ketidakkompakan tim, Yamato murka dan mengurung mereka dalam penjara kayu agar akrab satu sama lain. Disini terlihat sisi lain Yamato yang sadis dan mencerminkan seorang anbu : mengerikan, dingin dan intimidatif. Biarpun begitu Yamato tidaklah bermaksud buruk. Yamato juga diberi perintah untuk mengawasi Sai oleh Tsunade.
Merekapun lalu pergi ke Tenchikyo untuk menemui mata-mata Sasori, yang tidak lain adalah Kabuto, ninja pelarian Konohagakure. Ternyata Kabuto hanya berpura-pura menjadi mata-mata untuk menjebak Sasori. Pertarungan antara tim Yamato melawan Kabuto dan Orochimaru pun tak terelakkan. Naruto yang tak terkendali lalu melepaskan chakra Kyubi dalam jumlah besar sehingga ia berubah ke bentuk Kyubi ekor empat. Dia mulai menghancurkan wilayah sekitarnya dengan serangan-serangan dahsyat tanpa membedakan kawan ataupun lawan. Untungnya, Orochimaru tetap lolos dan melarikan diri sementara Yamato dengan chakra kayu (yang sama dengan chakra Hokage pertama) menyegel dan mengembalikan tubuh Naruto ke bentuk semula. Naruto merasa bersalah karena melukai Sakura dalam wujud Kyuubi ekor empat.
Akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Orochimaru dan Sasuke. Ternyata Sai memiliki misi untuk membunuh Sasuke. Tetapi dia urung karena melihat kesungguhan Naruto dalam mencari Sasuke. Ternyata Sasuke malah bersikap dingin dan mau saja dimanfaatkan Orochimaru asalkan bisa membalas dendam kepada Itachi Uchiha. Sasuke lalu mengalahkan mereka semua dan tim Yamato pulang ke konoha dengan penuh kekecewaan.
KONFRONTASI DENGAN AKATSUKI
Naruto yang merasa kecewa lalu meminta untuk dilatih oleh Kakashi. Kakashi lalu mengajarkan cara memanipulasi chakra miliknya. Dia menggunakan metode yang sangat ekstrim, tapi cocok dengan keadaan Naruto yang sekarang. Pertama-tama dia harus bisa memotong daun dengan chakra, lalu air terjun, dan terakhir dia harus menyempurnakan rasengan dengan memasukkan chakra angin ke dalam rasengan tersebut. Sementara itu, Tsunade menginstruksikan pencarian anggota Akatsuki yang memasuki Konoha. Asuma, Shikamaru dan 2 orang Jonin bertemu dengan Hidan dan Kakuzu. Mereka lalu bentrok dengan masing-masing. Ternyata Hidan memiliki tubuh aneh yang bisa dibilang tidak bisa mati. Walaupun kepalanya sudah terpotong, tetap masih hidup. Asuma pun terluka parah terkena jutsu Hidan, yaitu semua luka yang diderita hidan, sebagian akan mengenai orang yang darahnya telah digunakkanya untuk segel jutsu. Asuma pun nyaris mati terkena jutsu ini. Beruntung Choji dan Ino datang membantu, tetapi semuanya sudah terlambat, dan Asuma meminta dinyalakan rokok terakhir untuknya oleh shikamaru. Shikamaru dengan penuh haru menyalakkan rokok dimulut Asuma untuk terakhir kalinya sambil menangis ditengah hujan.
Shikamaru lalu merencanakan penyerangan kedua melawan Hidan dan Kakuzu yang telah membunuh Asuma. Diluar dugaan, Kakashi ikut membantu tim Shikamaru mencari dan menghancurkan dua anggota Akatsuki tersebut. Mereka lalu bertemu di dekat hutan milik keluarga Nara. Shikamaru memancing Hidan bertarung satu lawan satu dengannya, sementara Kakashi, Choji dan Ino melawan Kakuzu. Shikamaru berhasil menjebak Hidan dan menghancurkan tubuhnya, lalu menguburnya kedalam lubang besar yang sudah disiapkan. Hidan lalu berteriak-teriak mengutuk Shikamaru, tetapi tidak digubris oleh yang bersangkutan. Shikamaru malah mengatakan bahwa dia hanya percaya pada Tekad Api Konoha.
Kakashi yang melawan Kakuzu, berhasil membunuh 2 dari 5 "jantung" milik Kakuzu. Ketika keadaan hampir gawat, Naruto, Yamato, Sakura dan Sai datang membantu. Sai dan Sakura diperintahkan untuk membantu Shikamaru, sedangkan Yamato dan Naruto membantu Kakashi dkk. Naruto yang ingin membuktikan bahwa dia telah berubah dan menjadi lebih dewasa dan baik meminta kepada yang lainnya untuk tidak ikut campur ketika dia akan bertarung dengan Kakuzu. Kakashi mengatakan, jika dia tidak berhasil mengalahkan Kakuzu, maka dia masih tetap ninja berisik seperti dulu. Naruto lalu mengeluarkan jutsu andalannya yang baru dipelajari, Fuuton : Rasenganshuriken. Setelah serangan pertamakali gagal, Naruto dengan cerdik menggunakan kagebunshin untuk mengalihkan perhatian musuhnya. Kakuzu akhirnya berhasil dikalahkan setelah ledakan dramatis akibat jutsu Rasenshuriken yang mengenai targetnya. Mereka semua lalu pulang ke Konoha, menunggu misi selanjutnya sambil menjalani kehidupan seperti biasa.
Sasuke vs orochimaru
Setelah Naruto mengalahkan Kakuzu, sempat diperlihatkan ada ninja-ninja berjatuhan dan ditengah tengah para ninja diperlihatkan Sasuke sedang duduk dan berbicara bersama Orochimaru. Orochimaru berkata Sasuke masih memiliki belas kasihan karena tidak membunuh para ninja-ninja tersebut. Namun Sasuke dengan tenang menanggapi kata-kata orochimaru dengan berkata bahwa ninja-ninja tersebut bukan yang ingin dia bunuh. dan setelah itu disorot kembali ke Naruto dan Sakura sedang berbincang-bincang di Ichiraku Ramen. Naruto mengalami sedikit cedera tangan akibat terlalu banyak memakai Rasenshuriken. lalu mereka berdua jadi mengenang masa lalu.
Kembali kepada Sasuke dan Orochimaru, saat Kabuto sedang berbicara pada Orochimaru bahwa tubuh itu tidak bisa menahannya begitu lama, setelah Kabuto meninggalkan Orochimaru sejenak mendadak Sasuke datang menjebol pintu Orochimaru dan menyerang Orochimaru secara tiba-tiba. Sasuke menjelaskan bahwa sudah tidak ada yang bisa didapati lagi dari Orochimaru sebab Orochimaru lebih lemah daripada dia yang sekarang dan akhirnya dengan pedang kusanagi dan pedang listrik milik sasuke tersebut menghunus Orochimaru dan tubuh Orochimaru pun tewas. namun ternyata Orochimaru menunjukkan wujudnya yang sesungguhnya yaitu wujud ular.
Sasuke pun menghadapi Orochimaru dengan sungguh-sungguh dan menggunakan joutai 2nya. tiba-tiba Orochimaru terkenang masa lalu dan mengingat saat kematian kedua orang tuanya dan Orochimaru mengambil tubuh Sasuke dalam tubuh Orochimaru ada dimensi lain yang digunakan untuk mengambil tubuh orang lain. hal ini pernah terjadi pada Itachi namun Orochimaru gagal mendapatkannya karena sharingan Itachi yang terlalu kuat. Setelah itu, ular tersebut memuntahkan tubuh Sasuke. Masih dipertanyakan apakah itu Sasuke atau Orochimaru. Namun ternyata itu adalah Sasuke yang berhasil lolos dari Orochimaru dengan menggunakan sharingannya.
Pencarian Itachi
Sasuke berjalan ke laborotarium Orochimaru dan membebaskan satu eksperimen yang bernama Suigetsu. Lalu sasuke dan Suigetsu pergi untuk mengambil pedang Zabuza. Mereka pergi ke penjara milik Orochimaru yang dijaga oleh Karin, setelah Sasuke menyuruh Suigetsu untuk membebaskan para tawanan, lalu Karin pergi bersama Sasuke dan suigetsu. sasuke sedang mencari satu orang lagi untuk diajak bergabung dengan teamnya, yang bertujuan untuk membunuh Itachi. satu orang lagi tersebut diperkirakan Juugo.
Juugo keras kepala dan menyerang Sasuke dengan joutai 2 nya. Dia mengubah tangannya menjadi besar dan menyerang Sasuke namun ditahan oleh sayap milik Sasuke, Suigetsu datang dan bertarung melawan Juugo. Juugo mengubah tangannya menjadi kapak dan menghadapi pedang Zanbato milik Suigetsu (yg dulunya milik Zabuza). Tiba-tiba Sasuke mengeluarkan dua ular dan berkata "bagaimana kalau aku membunuh kalian berdua". Mereka berdua berhenti bertarung. Juugo menjadi ketakutan dan berkata "kunci pintunya !! Aku tidak ingin membunuh lagiii!!". saat Sasuke mau menenangkan hati Juugo.. Karin menjelaskan bahwa hanya Kimimaro yang dapat menenangkan hati Juugo. Hanya Kimimaro yang berhasil melawan juugo tanpa terluka. Akhirnya ketika juugo mengetahui bahwa orang yang mengajaknya bergabung itu Uchiha Sasuke.
Sasuke menjelaskan bahwa nama timnya "Hebi" yg artinya ular. Tujuan utamanya adalah "Uchiha Itachi." Masing-masing punya tujuan tersendiri. Sasuke bertujuan membunuh Itachi. Suigetsu bertujuan mendapatkan Samehada yg merupakan pedang milik Kisame. Karin bertujuan untuk bersama dengan Sasuke dan membantu Sasuke. Juugo bertujuan untuk melihat seberapa kuat Shinobi seperti Sasuke dan disisi lain Naruto yang mengetahui Sasuke telah mengalahkan Orochimaru juga berniat mengejar Itachi untuk bisa mengetahui tentang Sasuke. Saat itu disorot potongan Itachi sedang berdiri disuatu tebing bersama Kisame sambil memandangi hujan dan berkata "nampaknya akan ada badai".
Sementara itu, di markas Akatsuki anggota yang tersisa memutuskan untuk mencari Naruto langsung dan membereskan mereka. Karena ketua Akatsuki melihat kalau ninja dari Konoha merupakan ancaman serius bagi mereka, belum lagi pleton Sasuke yang mengincar Itachi. Mereka lalu bergerak berempat sekaligus untuk mencegah hal yang terjadi pada Hidan dan Kakuzu tidak terulang. Naruto yang sudah ingin segera menghabisi Itachi lalu diberi misi bersama tim barunya yang berjumlah 8 orang. Mereka diberi misi menangkap dan menginterogasi Itachi Uchiha. Tim tersebut berisikan Kakashi Hatake, Yamato, Sakura Haruno, Naruto Uzumaki, Sai, Kiba Inuzuka, Shino Aburame dan Hinata Hyuga.
Akhirnya mereka saling bunuh. Sasuke bertemu dengan Obito dan Deidara. Sedangkan Naruto tanpa diduga bertemu Kabuto yang juga tak disangka-sangka memberinya informasi. Dia lalu menunjukkan setengah wajahnya yang katanya sudah diintegrasikan dengan jiwa Orochimaru. Sasuke yang telah bertemu dengan deidara pun melakukan pertarungan tingkat tinggi. Deidara mengeluarkan sebuah jurus rahasianya yang ia katakan hanya ia pakai sat ia melawan itachi. Deidara memakan tanah liat miliknya dan membuat replika tubuhnya.
Sasuke yang melihat replika itu menyangka itu adalah bom besar, tapi ternyata itu adalah suatu bom yang membuat benda di sekitar daerah itu menjadi lenyap berkeping-keping. Sasuke yang sudah membaca jurus itu membuat duplikat seolah-olah ia terkena jurus itu. lalu ketika Deidara terkagum karena telah mengalahkan Sasuke, tapi serangan mendadak langsung dilancarkan oleh Sasuke. Pertarungan mereka diakhiri dengan sebuah ledakan bunuh diri oleh Deidara. Naruto, kelompok Naruto dan juga anggota Akatsuki lainnya merasakan kekuatan dari chakra Deidara, Naruto dan kelompok lainnya segera menuju tempat ledakan itu. Suigetsu mengeluarkan gulungan yang bergambar ular seketika keluarlah Manda yang terkena genjutsu oleh Sasuke.
